La storia di questa era è strettamente legata a quella della popolazione dei Mossi che, giunti dal Ciad, si stabilirono nell’attuale Burkina Faso. Il loro Impero, costituito intorno al XII secolo, fu una federazione di due imperi feudali precedenti: quello Yatenga a Nord e Ouagadougou a Sud. Il primo fu conquistato verso il XV secolo dall’impero del Mali; l’impero dei Mossi di Ouagadougou invece resistette per ben nove secoli fino al 1800, quando alcune guerre interne e soprattutto l’arrivo degli europei lo fece crollare.

Il primo esploratore europeo fu uno scozzese, Mungo, nel 1800. Per tutto l’800 altri esploratori francesi, inglesi e tedeschi si susseguirono fino al 1894. 
Nel 1904, a seguito di numerose operazioni militari, l’allora Alto Volta entrò a far parte della “Colonia francese dell’Alto Senegal - Niger”.
Durante la I guerra mondiale (1914-18), i Mossi cercarono una rivincita contro i francesi, impegnati nella guerra in Europa, ma la repressione fu terribile e lasciò un segno indelebile.
Nel 1932 l’amministrazione francese prese una delle più crudeli decisioni contro il Burkina, prima deportando migliaia di indigeni verso il Mali come mano d’opera (lavoro forzato) per la bonifica di quelle zone e poi smembrando tutto la nazione, dividendola tra Costa d’Avorio, Niger e Mali.

Nel 1947 la Francia ricostituì il paese, ancora con il nome di Alto Volta, nella speranza di sedare e calmare i vari movimenti di indipendenza che serpeggiavano nell’Africa Occidentale. I colonialisti sospesero anche il lavoro forzato precedentemente introdotto.
Il 5 agosto 1960 l’Alto Volta otteneva la sua totale indipendenza, con Maurizio Yameogo come primo presidente.

I problemi della nuova repubblica erano molto gravi e regnava grande confusione e nel 1966. Il potere venne assunto dall’esercito mentre il generale Lamizana fu proclamato presidente. Non si instaurò una dittatura militare e nel 1970 si tennero le elezioni legislative: fu adottata la nuova costituzione che ammetteva l’esistenza di più partiti e garantiva tutte le libertà politiche. Lamizana fu riconfermato e rimase al potere fino al 1980.
Alla fine del 1980, a seguito di un colpo di stato, Lamizana cadde e al potere tornarono i militari con il col. Saye Zerbo, che sciolse il parlamento e sospese costituzione e partiti.
Negli anni seguenti si susseguirono altri due colpi di stato, al termine dell’ultimo, nel 1983, si insediò al potere un altro militare, Thomas Sankara. Egli cominciò ad attuare riforme e, nel primo anniversario della rivoluzione, il 4 agosto del 1984, l’Alto Volta prese il nome di Burkina Faso (patria degli uomini liberi); la bandiera, il motto e l’inno nazionale vennero cambiati, con l’intento di “voltare pagina” a un passato reazionario e coloniale. La politica del governo da quella data si spostò verso sinistra, senza però perdere i contatti con l’occidente.
Alla fine del 1987 però il riformista Sankara fu ucciso e al suo posto si insediò il suo vice, Blaise Compaorè, attuale presidente. Questi, denunciando un fallito tentativo di colpo di stato “sankarista”, si sbarazzò anche di due ministri, che fece condannare a morte.